15 octobre 2026 : une nouvelle règle entre en application aujourd'hui pour les arrêts maladie de longue durée
Une modification importante des droits aux indemnités journalières de Sécurité sociale, les IJSS, entre en application ce 15 octobre 2026.
Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, publié au Journal officiel le 18 septembre, réduit de trois ans à un an la durée maximale dérogatoire d'indemnisation de certains assurés atteints d'une affection donnant lieu à la procédure prévue à l'article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale, lorsque cette affection n'ouvre pas droit à l'exonération ou à la limitation du ticket modérateur au titre des 3° et 4° de l'article L. 160-14.
En pratique, la réforme vise essentiellement les assurés relevant d'une ALD dite non exonérante : l'affection nécessite des soins ou un arrêt prolongé, mais les soins restent remboursés aux taux habituels de l'Assurance maladie. L'Assurance maladie confirme qu'à compter d'aujourd'hui, leur durée maximale dérogatoire d'IJ passe à un an au lieu de trois ans.
Les personnes atteintes d'une ALD exonérante relevant des 3° ou 4° de l'article L. 160-14 conservent, quant à elles, le régime maximal de trois ans.
Pour les employeurs, RH, gestionnaires de paie et organismes de prévoyance, cette distinction devient essentielle : deux salariés en arrêt prolongé peuvent désormais avoir des droits IJSS très différents selon le régime de leur affection.
Ce qui change exactement aujourd'hui
Avant la réforme, une affection donnant lieu à l'application de la procédure prévue à l'article L. 324-1 pouvait permettre de bénéficier du régime dérogatoire d'indemnisation sur une période pouvant aller jusqu'à trois ans.
Depuis le 15 octobre 2026, l'article R. 323-1 distingue désormais deux situations.
Lorsque l'affection ouvre droit à la limitation ou à la suppression de la participation de l'assuré au titre des 3° et 4° de l'article L. 160-14 :
la durée maximale pendant laquelle les IJ peuvent être servies reste fixée à trois ans.
Lorsque l'affection n'ouvre pas droit à cette prise en charge renforcée :
la durée maximale est désormais fixée à un an.
Dans les deux hypothèses, une nouvelle période peut recommencer après une reprise du travail d'au moins un an, selon les règles prévues par l'article R. 323-1.
ALD exonérante et ALD non exonérante : la différence devient déterminante
La réforme ne concerne donc pas indistinctement « tous les salariés en ALD ».
C'est probablement la nuance la plus importante à retenir.
ALD exonérante
Il s'agit notamment des affections répondant aux conditions permettant une suppression ou limitation du ticket modérateur au titre des 3° ou 4° de l'article L. 160-14.
Pour ces assurés, les soins en rapport avec l'affection peuvent bénéficier d'une prise en charge renforcée selon les règles applicables.
Le décret maintient pour eux la durée maximale dérogatoire de versement des IJ à trois ans.
ALD non exonérante
L'Assurance maladie décrit l'ALD non exonérante comme une affection nécessitant une interruption de travail ou des soins d'une durée prévisible supérieure à six mois, mais sans prise en charge à 100 % des soins liés à l'affection : les remboursements restent effectués aux taux habituels.
C'est principalement cette catégorie qui voit sa durée maximale d'IJ passer de trois ans à un an.
Exemple pratique
Un salarié est atteint d'une affection nécessitant un traitement et plusieurs périodes d'arrêt pendant plus de six mois.
Si cette affection bénéficie du régime exonérant prévu par l'article L. 160-14, il peut continuer à relever du régime d'indemnisation pouvant aller jusqu'à trois ans, sous réserve du respect des autres conditions.
Si son affection relève au contraire d'une ALD non exonérante soumise à la procédure de l'article L. 324-1, la période maximale dérogatoire applicable aux nouveaux arrêts relevant du dispositif est désormais limitée à un an.
Le diagnostic médical seul ne suffit donc pas pour les services RH à déterminer la durée d'IJSS.
Il faut connaître le régime de prise en charge administrative de l'affection par l'Assurance maladie, information qui ne doit évidemment pas conduire l'employeur à rechercher des données médicales auxquelles il n'a pas accès.
La durée d'un an est calculée de date à date
L'Assurance maladie précise que, pour les ALD non exonérantes concernées, la période d'un an est calculée à compter du premier jour du premier arrêt en lien avec l'affection concernée.
Un nouveau droit peut recommencer après une reprise du travail d'une durée d'un an.
Il ne faut donc pas comprendre la réforme comme une enveloppe de « 365 indemnités journalières utilisables librement ».
Le régime dérogatoire repose sur une période de référence liée à l'affection.
Cette distinction peut être déterminante lorsque plusieurs arrêts successifs interviennent.
Qu'en est-il des arrêts déjà en cours au 15 octobre ?
Le décret contient des dispositions transitoires qui doivent être lues avec attention.
Le nouveau régime s'applique :
- aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026 ;
- aux arrêts déjà en cours au 15 octobre 2026 lorsque l'incapacité de travail atteint six mois à compter de cette date.
L'Assurance maladie formule cette règle de manière plus directement opérationnelle : les arrêts en cours qui atteignent six mois après le 15 octobre 2026 basculent dans le nouveau cadre.
Les arrêts de plus de six mois au 15 octobre bénéficient d'une protection transitoire
Le décret prévoit toutefois une clause de sauvegarde importante.
Pour les assurés qui, au 15 octobre 2026, avaient déjà obtenu le bénéfice de la procédure prévue à l'article L. 324-1 et ne bénéficiaient pas de l'exonération prévue par l'article L. 160-14, les anciennes règles continuent de s'appliquer jusqu'au terme de la période maximale de trois ans.
L'Assurance maladie résume cette situation de la manière suivante : les personnes en arrêt en lien avec une ALD non exonérante depuis plus de six mois au 15 octobre 2026 conservent une possibilité d'indemnisation sur trois ans.
Cette transition évite qu'un assuré déjà engagé dans un arrêt long sous l'ancien régime perde brutalement deux années potentielles d'indemnisation.
Tableau pratique : qui conserve trois ans ?
| Situation | Durée maximale dérogatoire |
|---|---|
| ALD ouvrant droit à l'exonération ou limitation prévue aux 3° et 4° de L.160-14 | 3 ans |
| ALD non exonérante relevant du nouveau régime à compter du 15 octobre 2026 | 1 an |
| ALD non exonérante déjà reconnue sous L.324-1 au 15 octobre 2026 et bénéficiant de la clause transitoire | Ancien régime de 3 ans maintenu |
Le point de vigilance consiste donc à ne pas appliquer mécaniquement « un an » à tout arrêt long en cours.
Ce qui ne change pas : le régime ordinaire des 360 IJ sur trois ans
La réforme porte sur la durée maximale dérogatoire applicable aux affections relevant de la procédure de l'article L. 324-1.
Elle ne doit pas être confondue avec le régime général applicable aux autres arrêts maladie.
L'article R. 323-1 maintient le principe selon lequel le nombre maximal d'indemnités journalières pouvant être versées, pour les situations relevant du régime ordinaire, est de 360 IJ sur une période quelconque de trois ans.
Il faut donc distinguer :
régime ordinaire : 360 IJ sur trois ans ;
régime ALD exonérante : période dérogatoire maximale de trois ans ;
nouveau régime ALD non exonérante concernée : période dérogatoire maximale d'un an.
Pourquoi ce changement est particulièrement important pour les entreprises
Les IJSS constituent souvent la première brique d'un ensemble plus complexe d'indemnisation.
Un salarié en arrêt peut percevoir, selon sa situation :
- les IJSS versées par l'Assurance maladie ;
- un maintien de salaire légal ou conventionnel ;
- un complément employeur ;
- des prestations versées par un régime de prévoyance ;
- éventuellement d'autres garanties contractuelles.
Lorsqu'une garantie complémentaire est calculée en articulation avec les IJSS, la réduction de la durée d'indemnisation de la Sécurité sociale peut avoir des conséquences importantes.
La fin des IJSS ne signifie toutefois pas automatiquement la fin de toute indemnisation complémentaire : cela dépend du contrat de prévoyance, de la convention collective et des conditions exactes de la garantie.
Chaque régime doit donc être relu.
La prévoyance devient un point de contrôle prioritaire
Pour les salariés susceptibles d'être concernés, les entreprises devraient dès maintenant vérifier les notices et contrats de prévoyance.
Trois types de clauses doivent particulièrement attirer l'attention :
Les garanties conditionnées au versement d'IJSS.
Le contrat peut prévoir qu'un complément n'est versé que tant que la Sécurité sociale indemnise.
Les garanties prenant le relais après une franchise déterminée.
Elles peuvent continuer à fonctionner selon leur propre durée maximale.
Les garanties incapacité définissant leur propre notion d'arrêt indemnisable.
Leur articulation avec la nouvelle limite réglementaire doit être étudiée contractuellement.
Il n'est donc pas possible d'affirmer de manière générale qu'un salarié perdra tout revenu après douze mois.
En revanche, la disparition des IJSS peut modifier profondément l'équilibre du dossier.
Maintien de salaire : ne pas confondre droits conventionnels et IJSS
Même vigilance concernant les obligations de l'employeur.
Une convention collective peut prévoir un maintien de rémunération plus favorable que le minimum légal, avec :
- des durées particulières ;
- un pourcentage de maintien ;
- une articulation avec les IJSS ;
- un relais par la prévoyance.
La réforme de l'Assurance maladie ne réécrit pas automatiquement ces dispositions conventionnelles.
Les gestionnaires de paie doivent donc éviter un raisonnement du type :
« Les IJSS s'arrêtent après un an, donc le maintien employeur s'arrête nécessairement à la même date. »
La réponse dépend du texte conventionnel ou du contrat applicable.
L'employeur connaît-il le type d'ALD du salarié ?
Pas nécessairement.
L'employeur n'a pas à connaître le diagnostic du salarié ni à collecter des informations couvertes par le secret médical.
Le traitement du dossier repose notamment sur les informations administratives transmises par :
- la CPAM ;
- les attestations d'IJSS ;
- les organismes de prévoyance ;
- les données nécessaires à la paie.
L'entreprise doit donc surtout mettre en place une procédure permettant de détecter une évolution ou une fin des droits IJSS sans demander au salarié de révéler sa pathologie.
Le décret ajoute aussi une sanction contre les demandes abusives d'arrêts de travail
Le décret du 16 septembre ne porte pas uniquement sur la durée d'indemnisation.
Il modifie également l'article R. 147-6 du Code de la sécurité sociale afin d'intégrer explicitement parmi les comportements susceptibles d'être sanctionnés le fait, pour un assuré, d'abuser de sa qualité d'assuré social afin d'obtenir une prescription d'arrêt de travail non justifiée, sans lien avec son état de santé.
Cette partie du décret est entrée en vigueur dès le lendemain de sa publication, et non le 15 octobre.
Le texte ne signifie évidemment pas qu'un arrêt contesté par l'employeur devient automatiquement « abusif ».
L'appréciation relève du cadre de contrôle de l'Assurance maladie et des procédures prévues par le Code de la sécurité sociale.
Le décret concerne aussi d'autres régimes
Le texte vise principalement les assurés du régime général, mais ses adaptations concernent également notamment :
- les salariés du régime agricole ;
- les clercs et employés de notaires bénéficiant du régime correspondant.
Le décret n° 2026-867 du même jour complète d'ailleurs cette réforme dans d'autres dispositions réglementaires et reprend la même distinction entre durée d'un an et maintien de trois ans pour les ALD exonérantes.
Pour une entreprise employant des salariés relevant de régimes particuliers, le régime applicable doit donc être vérifié spécifiquement.
Exemple RH : un salarié atteint six mois d'arrêt le 20 octobre 2026
Un salarié est en arrêt depuis le 20 avril 2026 pour une affection relevant finalement d'une ALD non exonérante.
Son incapacité atteint six mois le 20 octobre 2026, donc après la date d'entrée en application du nouveau dispositif.
Il entre en principe dans le nouveau régime applicable aux arrêts en cours qui atteignent six mois après le 15 octobre.
La durée maximale dérogatoire de versement des IJ liée à cette affection est alors ramenée à un an, selon les modalités applicables.
À l'inverse, un assuré déjà reconnu dans la procédure de l'article L. 324-1 avant le 15 octobre et couvert par la clause de sauvegarde conserve l'ancien régime jusqu'au terme de la période maximale de trois ans.
Ce que les RH et gestionnaires de paie devraient vérifier dès aujourd'hui
- Identifier les salariés en arrêt prolongé dont les droits IJSS peuvent évoluer.
- Ne pas déduire le statut ALD du diagnostic ou demander des informations médicales inutiles.
- Vérifier les retours et décomptes transmis par la CPAM.
- Distinguer les ALD exonérantes des ALD non exonérantes sur le plan administratif lorsque l'information utile est disponible.
- Identifier les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026.
- Repérer les arrêts en cours qui atteindront six mois après cette date.
- Vérifier si certains dossiers bénéficient de la clause transitoire maintenant les trois ans.
- Contrôler les clauses de maintien de salaire de la convention collective.
- Relire les contrats et notices de prévoyance incapacité.
- Vérifier si la prestation de prévoyance suppose le maintien des IJSS.
- Anticiper les dossiers dans lesquels les IJSS pourraient cesser avant les prestations complémentaires.
- Informer les gestionnaires de paie de la nouvelle distinction.
- Sécuriser la subrogation lorsque l'employeur perçoit directement les IJSS.
- Prévoir un contrôle avant toute modification de rémunération d'un salarié concerné.
- Conserver les justificatifs administratifs permettant d'expliquer le calcul de paie.
Pour les salariés : la fin des IJSS ne signifie pas la fin de l'arrêt maladie
Autre distinction importante : l'épuisement des droits aux indemnités journalières n'entraîne pas nécessairement la fin médicale de l'arrêt de travail.
Un médecin peut continuer à considérer que l'état de santé justifie une incapacité de travail alors que les droits aux prestations en espèces sont épuisés.
La question de l'aptitude ou de l'inaptitude au poste relève par ailleurs d'un autre cadre, celui de la médecine du travail.
Il faut donc éviter de confondre :
durée de l'arrêt médical,
durée des IJSS,
maintien de salaire,
prévoyance,
aptitude au travail.
Ces mécanismes peuvent suivre des calendriers différents.
Conclusion : depuis aujourd'hui, la distinction entre ALD exonérante et non exonérante devient déterminante pour les IJSS
Le 15 octobre 2026 constitue une échéance importante pour l'indemnisation des arrêts maladie prolongés.
Le nouveau principe peut être résumé ainsi :
ALD exonérante relevant des 3° et 4° de l'article L. 160-14 : maintien d'une période maximale d'IJ pouvant aller jusqu'à trois ans.
ALD non exonérante relevant du nouveau dispositif : période maximale ramenée à un an.
La réforme comporte toutefois des règles transitoires importantes pour les arrêts déjà en cours. Les salariés déjà engagés dans le régime de l'article L. 324-1 au 15 octobre peuvent, sous les conditions prévues par le décret, conserver le bénéfice de l'ancien plafond de trois ans.
Pour les entreprises, le principal enjeu n'est pas médical mais administratif, conventionnel et assurantiel : lorsque les IJSS cessent plus tôt, il faut vérifier immédiatement ce que prévoient le maintien employeur et le contrat de prévoyance.
Un dossier d'arrêt long ne devrait donc plus être piloté uniquement avec une date de début d'arrêt. Il faut désormais surveiller l'évolution des droits IJSS et leur articulation avec l'ensemble des garanties complémentaires.
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Sources officielles
Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 relatif à la durée maximale dérogatoire d'indemnisation pour arrêt de travail et à la sanction des abus, JORF du 18 septembre 2026.
Code de la sécurité sociale, article R. 323-1 dans sa rédaction issue du décret n° 2026-866 : distinction entre la période de trois ans pour les affections exonérantes et celle d'un an pour les autres affections relevant de la procédure L. 324-1.
Décret n° 2026-866, article 3, relatif à l'application aux nouveaux arrêts, aux arrêts en cours et au maintien de l'ancien régime pour certains assurés.
Code de la sécurité sociale, article L. 324-1 relatif aux affections de longue durée et aux soins ou interruptions de travail prolongés.
Assurance maladie, précisions sur l'application de la réforme au 15 octobre 2026 et la distinction entre ALD exonérante et non exonérante.